随着京东商城规模的扩大，京东快递承受的压力剧增，京东不得不对运费做出调整。在2011年首次调整后，京东不再免运费，开始实施快递运费政策。
2011年11月22日晚，京东商城对外公告称：“为确保配送服务的质量，让消费者得到更高品质的配送服务，京东商城将参照行业做法，从11月25日起对金额不足39元的订单收取5元运费。”
在此公告发出后，京东不再免运费，这个公告的发出也意味着一直走在电子商务行业前列的京东商城在巨大成本压力下开始归于冷静。
此后，京东运费再次做出调整，2015年2月27日起，京东针对自营商品配送的运费进行了调整。调整后，注册会员、铜牌会员、银牌会员、金牌会员购买自营商品满59元免运费。钻石会员、企业会员购买自营商品满39元免运费。
2015年4月2日起，金牌会员、银牌会员、铜牌会员、注册会员购买自营商品满79元免运费。 2015年4月2日起，钻石会员购买自营商品满59元免运费。 各类自提配送方式仍免运费。
目前，京东不再免运费，对全场购物费用为达到要求的订单，将收取一定的快递费用。
